Tot slot is er een zorg over belemmering van taurineopname door bèta-alaninesuppletie. Zowel taurine en bèta-alanine zijn β-aminozuren en delen dezelfde transporter. Hierdoor zou er competitieve inhibitie kunnen optreden van taurineopname door een toename van bèta-alanine in de circulatie. In een dierstudie werd er bèta-alanine toegevoegd aan het drinkwater van katten [287]. Na twintig weken was er een vermindering van de taurineconcentratie in de hersenen en was er schade berokkend aan de kleine hersenen (het cerebellum). De hoeveelheid bèta-alanine die de katten kregen was echter vrij fors, zo’n 500 g verdeeld over twintig weken. Bovendien is taurine een essentieel aminozuur voor katten, maar niet voor de mens. Desalniettemin is bèta-alanine, in grote hoeveelheden, in verschillende diermodellen in staat om taurinedeficiëntie te veroorzaken. In de klinische studie uitgevoerd door Harris e.a. werd, ondanks een verhoogde taurineplasmaconcentratie, geen significante stijging van taurineverlies in de urine gemeten [197]. Ook bij wielrenners die tien weken lang bèta-alanine kregen, werd geen verandering gevonden van de taurineconcentratie in de spiercellen [210]. Symptomen van taurinedeficiëntie, zoals spierkrampen, zijn tot op heden ook niet vermeld in klinische studies. Het klinisch onderzoek naar het effect van langdurig bèta-alaninegebruik op de taurinehuishouding is echter beperkt. Tevens ontbreekt data van bijvoorbeeld de taurineconcentratie in andere weefsels, zoals het hartweefsel, bij bèta-alaninegebruik.