Joden werden vaak vervolgd of werden verbannen uit diverse Europese landen. De vervolgingsgolf bereikte zijn eerste piek tijdens de Kruistochten. In de Eerste Kruistocht (1096) werden bloeiende gemeenschappen langs de Rijn en de Donau volkomen vernietigd. In de Tweede Kruistocht (1147) werden de Joden in Frankrijk in groten getale afgeslacht. De Joden werden ook onderworpen aan aanvallen tijdens de Kruistochten van de Herders van 1251 en 1320. Veel van de verdreven Joden vluchtten naar Polen.
Een grote verbanning van Joden vond plaats na de herovering van moslim-Spanje, die door de Spaanse Inquisitie (1492) werd gevolgd, waarin de volledige Spaanse Joodse bevolking van circa 200.000 sefardische Joden werd verdreven. Dit werd gevolgd door verbanningen in 1493 in Sicilië (37.000 Joden) en Portugal in 1496. De verdreven Spaanse Joden vluchtten hoofdzakelijk naar het Ottomaanse Rijk, en Noord-Afrika; anderen vluchtten naar gebieden in Europa buiten Iberië (o.a. Nederland). Ook was er een vlucht van Spanje naar Portugal tussen de twee inquisities.
Tot de 16e eeuw was het aantal Joden in West-Europa gering. Deze situatie verschilde aanzienlijk van Oost-Europa. Polen de grootste Joodse bevolking in Europa, maar de kalme situatie voor de Joden werd daar beëindigd toen de Poolse en Litouwse Joden met honderdduizenden werden afgeslacht door Cossack Chmielnicki (1648) en tijdens de Zweedse oorlogen (1655). Gedwongen door deze en andere vervolgingen, bewogen de Joden zich naar westelijk Europa in de 17e eeuw. Het laatste verbod op het Jodendom, dat van Engeland, werd herroepen in 1654, maar de periodieke uitwijzingen van individuele steden kwamen nog voor. De Joden werden vaak beperkt in landeigendom of werden gedwongen om in getto's te leven.